La primera edición de la obra "Monarquía Indiana" data de 1615, publicada en Sevilla, sin embargo, es escasa pues la mayoría de sus ejemplares se perdieron en un naufragio del que nos habla Nicolás Rodríguez Franco en el proemio de esta segunda impresión. El trabajo realizado para la segunda impresión, a cargo de Rodríguez Franco, se convirtió en una importante reseña que reivindicó la obra, pues la primera recibió fuertes críticas por parte de Fray Agustín de Vetancurt publicadas en su obra "Teatro Mexicano".
Sobre todo, se encargó de acusar de plagiario a Torquemada, arguyendo que el escrito le pertenecía al padre Mendieta. El texto es una historia enciclopédica de la cultura indígena y la exploración temprana, que incluye importantes discusiones sobre el viaje de Vizcaíno a California y la expedición de Oñate a Nuevo México. Las investigaciones de Torquemada incluyen información de cronistas anteriores y de su propia época, así como relatos de los propios indígenas reunidos en códices o transcripciones de sus narraciones de transmisión oral, esto último hace que en el texto conviven una serie de mitos y realidades sobre las culturas ancestrales.
De igual manera, el trabajo de Torquemada abarca un horizonte más allá del enfoque mexicanista, en palabras de Francisco Esteve Barba citado por Félix Jiménez de Villalba: "El afán principal de la obra de Torquemada, es la de entroncar la historia mundial con la exótica historia del nuevo mundo".
Esteve Barba agrega que, si bien Torquemada no tenía la precisión de un historiador moderno, se esforzó en hacer importantes comparativas culturales de los aztecas y pueblos precolombinos, con romanos griegos y judíos. López Austin, menciona por su parte que además de la importancia como crónica que tiene la Monarquía Indiana, es en sí un logro el vincular la historia de ambos continentes en una sola, así que podríamos decir con certeza que la obra de Torquemada es uno de los primeros intentos de una historia unificada, es decir, universal.